敦煌种业股份有限公司是主营农作物种子和棉花两大产业，同时从事农产品生产、加工及相关业务的农业产业化国家重点龙头企业。
公司建立了总、分公司体制和股份公司“一级法人，分级管理，授权经营，统一核算，自负盈亏”的管理模式。现有包括13家种子分、子公司、4家棉花分公司、1家种子研发中心以及3家与主营业务相关企业在内的21家经营单位，注册资本1.8亿元，总资产14.3亿元，净资产6.93亿元。
公司利用自身优势和内地知名研发机构在人才、技术成果和市场等方面的优势，采取自主创新、委托育种、合作育种、联合开发、买断专利权、购买制种代理权等多种方式，先后与国内多家知名研发机构建立起良好的合作关系，已拥有18个自主产权和独立经营品种。
近年来，公司利用募集资金建成了国内规模最大的种子加工中心一处，安装有全自动成套国内加工生产线4条和全套德国生产线1条，可一次性完成从种子脱粒、烘干、精选、分级、包衣和包装的全过程生产，种子加工能力可达到6.5万吨。投资建成2家拥有国内最先进的全智能化棉花配套加工设备棉花加工厂，提升棉花加工能力2万吨。并建成棉蛋白油脂加工企业一个，新增棉花副产品加工能力5万吨。
公司已通过ISO9001质量管理体系认证，拥有完善的种子质量保证体系，在生产的各个环节实现了标准化作业，质量控制技术与国际接轨，建立有严格完善的种子生产经营管理体制和种子质量监控体系，制定了严于国家标准的企业标准和配套操作规程，所生产的粮食、棉花、油料、瓜类、蔬菜、牧草、花卉等7大系列、“敦煌飞天”、“雪丰”等知名品牌、1000多个品种的种子、棉花产品畅销国内20多个省（市、区）和美国、韩国、日本、德国等10多个国家，深受国内外客商的欢迎。
2004年，公司生产各类农作物种子7413万公斤，收购加工皮棉69.2万担，实现销售收入7.46亿元，净利润3024.9万元。公司玉米、棉花、瓜菜的生产经营已居甘肃省第一位。公司棉花购销量占甘肃棉花总量的50%。公司已被农业部列为全国33家棉花及棉种加工经营示范企业之一；先后被酒泉市政府、省政府和国家命名为农业产业化重点龙头企业；2003年被中国种子协会评为中国种业50强企业；被甘肃省银行业协会评为诚信企业，被国家工商局评定为守合同、重信用企业，被中国建设总行认定为AAA级企业。公司7500万A股股票于2003年12月29日公开发行，2004年1月15日在上海证券交易所挂牌上市。